Esse filme relembra a destruição do Dr. Gero pelas mãos dos Andróides nº 17 e 18 e como o misterioso computador despertou três novos andróides malignos. Os andróides foram programados para destruir Goku. Para encontrar os guerreiros Z, dois deles começam a destruir a cidade.

Seiya e Os Cavaleiros do Zodíaco estão de volta para proteger a reencarnação da deusa Atena, mas uma obscura profecia paira sobre todos eles.