Following the incident in the Southeast Asia Union in 2116, Shinya Kogami resumes his vagrant journey. In a small South Asian nation, Kogami rescues a bus of refugees under attack by armed guerrilla forces. Among the refugees is a young lady by the name of Tenzin, who begs Kogami to teach her how to retaliate against the enemy.

Kai se muda com seu pai de Tóquio para Hinashi, uma cidade pesqueira em declinio, para viver com seu avô após o divórcio de seus pais. Kai é incapaz expressar seus complexos sentimentos sobre seus pais, assim ele passa sua vida escolar no ensino médio de forma melancólica. Sua única alegria é fazer o upload de suas composições musicais para a internet. Um dia, seus colegas Kunio e Yuuho convidá-o para se juntar à sua banda, e quando ele relutantemente os acompanha para praticar na Ilha da Sereia, os três encontram uma sereia chamada Lu. Através de seu alegre canto e dança, Kai lentamente é capaz de se abrir sobre seus sentimentos. No entanto, uma calamidade chega e Kai deve gritar do fundo do seu coração, para salvar a cidade.